1、EWF、FBWF缺陷、和第一次卡机问题。
由于普通U盘写入速度不过区区的5MB/S左右，而普通硬盘往往50MB/S以上，因此，XP在普通U盘运行“巨卡”，微软在XPEmbedded中提供了EWF和FBWF可以将对磁盘写重新定向到内存，才使普通U盘XP有了实用价值。
但是为什么EWF比FBWF更加适合呢。主要原因有3个：一是，由于在U盘采用NTFS压缩可以节约1/3～1/2的磁盘空间，同时由于减少了绝对的磁盘读写，从而缓解U盘读写速度瓶颈，因此采用NTFS压缩是U盘XP最好的选择，EWF支持NTFS压缩，但是FBWF不支持。二是，EWF具有在写过滤有效时，不需要重新启动切换状态，可以立即全部保存，而FBWF没有这个功能;虽然可以调用微软提供的API枚举文件进行实时同步，但是不能保存文件夹，而且保存稳定性和速度不如EWF。三是，由于EWF是底层整盘过滤，FBWF是上层的文件过滤，软件兼容性差于EWF。
不过“成也萧何，摆也萧何”，EWF也带来了严重的问题，最主要是，由于写系统盘就是写内存，系统使用中临时文件是不可避免的，特别是上网看电影、安装软件等大量写系统盘，导致系统内存大量消耗，系统越来越慢，失去响应，最后宕机。
系统镜像第一次安装到新的U盘中时，EWF无效。这正是查找设备等大量小文件写入磁盘的时候，往往导致系统“巨卡”，再者，由于EWF无效，被强迫保存系统设置，如果要保持系统良好移动性，就是系统纯净才好，强迫保存对移动性显然不利。
WES2009文档明确指出，EWF对于NTFS分区中不能完全拦截所有的写操作。如果使用USB的硬件开关，启动将蓝屏。有一个“机器狗测试”，解开该文件在管理员权限执行后，在只有EWF过滤生效的XP系统中，c:windowssystem32conime.exe等文件将永久被更改。有一个Strike程序，调用CreateFile直接写入磁盘第一个扇区，在XP和Windows7下都有效，由于ewf和fbwf不保护磁盘的第一个扇区，这会导致磁盘数据全部丢失。有时在EWF和FBWF保护的系统中，用户自行磁盘分区更改，比如更改活动分区，将导致系统不能启动，EWF和FBWF对此无能为力。由于FBWF和EWF不能拦截全部写操作，导致U盘寿命缩短，系统意外损坏。
2、USBXP设备安装不能自动“下一步”问题。
还有一个问题，XP系统在安装设备驱动时，并不像Win7，会自动“下一步”，往往鼠标按到手抽筋，而且，有时，比如使用传世经典的深度6.2精简系统制作的USBboot，在只有USB鼠标和键盘的机器上将安装不下去。
3、安装问题。
微软的XPE(WES2009)安装是体力活，USBoot已经比较容易了，目前网络上发布流行的多是.GHO的镜像文件。
WES7要安装到USB比XPE简单多了，下载这个oldtreeusb.xml和微软的IBW，按提示一路就可安装USBWin7到USB盘中。安装USBWin7，就是将上面注册表文件直接导入，再将这个系统镜像使用imagex或者ghost拷贝到USB盘中，设置MBR引导。
对于专业人士或者喜欢折腾系统的人这样安装多不是问题。但是对于只是想图方便使用一把，或者是非专业人士而言，这样安装都嫌复杂了，也容易发生人为差错。
4、USB设备限制虚拟内存问题。
微软的USB补丁和USBoot都不支持USB盘上设置虚拟内存，导致系统运行大程序多任务不稳定，系统即使安装在USB硬盘和SSD上也有明显局限性。如果将系统内存固定地设置到硬盘中，当没有硬盘时，系统报错，除了系统不稳外，还使系统失去移动性。
5、移动系统在不从这个系统启动被破坏的问题，并不是所有的USB盘读有写保护开关。
6、系统盘容量小的兼容问题。
U盘容量有限，作为系统盘，往往软件安装、使用等报磁盘空间不够等问题，导致系统兼容性不佳，这也是U盘系统的一个顽症。