所有集成开发环境 (IDE) 都十分相似，因为它们都是为同一目的而构建的，但是它们也有差异。这些差异中有些可以归因于应用域不同，但是其余差异则因 IDE 设计而产生。
很明显，Microsoft Visual Studio 与 Eclipse 是不同的：Java 编程语言不同于 C/C++/.NET，并且 Java 曾经是 Eclipse 所支持的第一种语言。两者不同还因为 Eclipse 旨在成为 “可以实现任何功能而不是实现具体某项功能（everything and nothing in particular）” 的 IDE，引入了更多一般功能和可自定义功能。Eclipse 还可用于更多的操作系统中。但是，我们的目的不是要列举出 Eclipse 与 Visual Studio 之间的所有 差异。
本文不是要详细讨论 IDE 设计，而是要说明这些 IDE 之间的主要差异。本文适用于已经使用了 Visual Studio 一段时间并且要开始使用 Eclipse 的所有开发人员。本文不教您如何在 Eclipse 中进行 Java 编程，也不关注 Java 特有功能，而是讨论两者总体上的差异。
Eclipse 工作区
工作区目录
Eclipse 工作区是包含 .metadata 特殊子目录的文件系统中的一个目录。.metadata 目录包含工作区的所有私有信息，例如设置、缓存等。通常，您不必修改 .metadata 目录中的任何文件。工作区目录也是 Eclipse 中新项目的默认位置。
一般而言，Eclipse 工作区的功用与 Visual Studio 解决方案相同：组织层次结构中的顶级项目、文件夹和文件。但是，有一些主要差异。Visual Studio 解决方案仅仅列出它所包含的项目及其依赖关系、配置、版本控制信息等。
Eclipse 工作区所实现的功能不只包含上述这些。它将管理大多数非项目信息，例如全局首选项、窗口布局以及搜索和浏览历史记录。Eclipse 启动时必须同时启动一个工作区，并且您不能按照关闭 Visual Studio 解决方案的方法来关闭工作区。虽然可以在 Eclipse 中切换工作区，但是许多用户都使用包含自己所有项目的一个工作区。
项目结构
Eclipse 项目结构的起源
项目结构与其文件系统布局之间的严格对应关系可能是受 Java 包与其在文件系统中的布局之间的强制对应关系影响。在 Java 语言中，类 p1.p2.p3.Class1 必须位于目录 p1/p2/p3 中。
Visual Studio 语言（C/C++/C#，甚至是 J#）没有要求这样的目录结构。因此，Visual Studio 中的项目结构与文件系统布局之间的对应关系就没有那么严格。
Eclipse 项目与 Visual Studio 项目的差异在于与底层文件系统的交互方法上。在 Visual Studio 中，项目与它在文件系统中的布局的关联并不紧密：您可以将 c:\temp\ 中的文件添加到位于 d:\work 的项目中，并且 Visual Studio 将记录新文件的引用位置并像任何其他文件一样打开它。文件夹（如 “头文件”）不与文件系统文件夹（在内部，此类文件夹被称为过滤器）对应。
在 Eclipse 中，项目元素的结构必须与它们在底层文件系统中的布局相对应。例如，如果 Eclipse 项目 HelloWorld（参见图 1）位于 c:\eclipse\workspace\HelloWorld，则 README.TXT 位于 c:\eclipse\workspace\HelloWorld\src\README.TXT。
图 1. 简单的 HelloWorld 项目
Eclipse 还需要与项目目录下的文件同步。如果删除 Eclipse 中的文件或文件夹，那么被删除的文件或文件夹也将从文件系统中消失。但是，当您使用 Windows 资源管理器添加或删除同一个文件时，Eclipse 中的相关资源将不同步，这可能干扰 Eclipse 的某些操作。在这种情况下，您应当在项目的右键菜单中选择 Refresh，手动刷新项目。您可以通过在 Eclipse 首选项中选择 Refresh automatically 选项，告诉 Eclipse 与文件系统进行自动同步。